万方查重个人版与机构版的区别主要在于适用对象和功能定位上有所不同。个人版主要面向个人用户，提供简单易用的查重功能，适合个人论文写作等需求。而机构版则更加专业，适用于科研机构、高校等单位，提供更全面、深入的查重服务，支持大规模文献查重和管理。

此外，万方查重个人版与机构版在价格上也存在差异。个人版通常定价较为亲民，适合个人用户购买和使用；而机构版的定价较高，但提供了更多的定制化服务和技术支持，适合有更高要求的机构和团体选择。综上所述，选择万方查重的个人版还是机构版，需根据实际需求和预算来进行权衡和选择。